Esistono due zone definite come "di tutela integrale", sono aree particolarmente sensibili alle attività antropiche in quanto sono dedicate alla riproduzione delle specie autoctone di fauna e flora marina. Allo scopo di preservare nel migliore dei modi le specie viventi nel Parco, è stata introdotta la totale interdizione alle attività antropiche di qualsiasi tipo in queste zone.
Nelle aree integralmente protette è vietato:
(Rif. Comma 3 art 4 DM 20 settembre 2002)
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La navigazione, l’accesso e la sosta con navi, imbarcazioni e natanti di qualsiasi genere e tipo.
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La Balneazione.
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L'ancoraggio e l'ormeggio.
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La pesca, sia professionale che sportiva, con qualunque mezzo esercitata.
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La pesca subacquea
E' invece consentito:
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L’accesso e la sosta alle imbarcazioni di servizio con compiti di sorveglianza e soccorso e a quelle di appoggio ai programmi di ricerca scientifica per le finalità e con i modi esplicitamente determinati e autorizzati dall’Ente gestore dell’area marina protetta
La zona B è denominata di "riserva generale"
in essa sono consentiti: (Rif. Comma 7 art 4 DM 20 Settembre 2002)
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La balneazione
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Le immersioni subacquee con e senza autorespiratore, ad eccezione di quelle relative alle grotte sottomarine, che devono essere autorizzate e disciplinate dall’Ente Gestore
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la navigazione a motore ai natanti e alle imbarcazioni, così come definiti ai sensi della legge 16 giugno 1994 n. 378, disciplinata dall’Ente Gestore, e comunque a velocità non superiore a 5 nodi, nonché la navigazione a vela e a remi;
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la navigazione a motore, alle sole navi adibite al trasporto collettivo che effettuano visite guidate, autorizzata e disciplinata dall’Ente Gestore, e comunque a velocità non superiore a 8 nodi, privilegiando le imprese aventi sede legale, alla data del presente decreto, nel Comune di Alghero;
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’ancoraggio come disciplinato dall’Ente gestore in zone appositamente individuate, sentita la Commissione di riserva, compatibilmente con l'esigenza di tutela dei fondali particolarmente sensibili;
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l’ormeggio in zone individuate e opportunamente attrezzate con gavitelli e ormeggi apposti e/o comunque disciplinati dall’Ente gestore;
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la pesca professionale disciplinata dall’Ente gestore con gli attrezzi della piccola pesca previsti dall’art. 19 del decreto del Ministro delle risorse agricole, alimentari e forestali, 26 luglio 1995 e con gli altri attrezzi selettivi di uso locale, compatibilmente alle esigenze di tutela dell’area, riservata ai pescatori residenti alla data del presente decreto, nel Comune di Alghero, nonché alle cooperative di pescatori, costituite ai sensi della legge 13 marzo 1958, n. 250, aventi sede legale nel detto comune alla data del presente decreto, e loro soci inseriti alla stessa data nel registro di ciascuna cooperativa;
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il pescaturismo, disciplinato dall’Ente gestore, riservato ai pescatori o alle cooperative residenti nel Comune di Alghero, con gli attrezzi della piccola pesca previsti dal decreto del Ministero per le politiche agricole e forestali n. 293 del 13 aprile 1999;
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la pesca sportiva solo con lenza e canna ai residenti nel Comune di Alghero; è altresì autorizzata, con gli stessi attrezzi, ai non residenti, nei limiti numerici e con le modalità definite dall’Ente gestore, sentita la Commissione di riserva;
La zona C è definita di "riserva parziale"
in essa sono consentiti: (Rif. Comma 10 art 4 DM 20 Settembre 2002)
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Le immersioni subacquee;
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La navigazione a motore a natanti ed imbarcazioni, così come definiti ai sensi della legge 16 giugno 1994 n. 378, disciplinata dall’Ente Gestore e comunque a velocità non superiore a 10 nodi;
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La navigazione a motore a natanti e imbarcazioni nel corridoio di cui al comma 11;
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L’ancoraggio come disciplinato dall’Ente gestore in zone appositamente individuate, compatibilmente con l'esigenza di tutela dei fondali particolarmente sensibili;
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La pesca sportiva solo con lenza e canna ai residenti nel Comune di Alghero; è altresì autorizzata, con gli stessi attrezzi, ai non residenti, con le modalità definite dall’Ente gestore, sentita la Commissione di riserva.